Universitas Islam Sultan Agung disingkat UNISSULA, diselenggarakan oleh yayasan Badan Wakaf “Sultan Agung” disingkat YBW-SA, pada tanggal 13 Juli 1950 bertepatan dengan 16 Syawal 1369 H. Dengan dimulainya pendirian UNISSULA maka sejarah UPT. Perpustakaan dimulai pada bulan Oktober 1968. Pada waktu itu Bapak H. R. Rachmad selaku Kepala Perpustakaan Negara Semarang diminta ikut mengelola buku-buku yang berjumlah 2500 ekslempar dalam bahasa Inggris untuk dijadikan perpustakaan. UPT. Perpustakaan UNISSULA waktu itu menempati kantor sekretariat UNISSULA di jalan Ahmad Yani yang berukuran 3,5 m x 3,5 m yang pustakawannya pada saat itu hanya satu orang. Pada tahun 1969 perpustakaan tersebut baru dibuka untuk mahasiswa.
Pada pertengahan tahun 1972 UPT. Perpustakaan UNISSULA pindah ke ruang belakang gedung serba guna di jalan Seroja Tengah. Luas ruangan tersebut 3 m x 7 m. Kemudian perpustakaan pindah ke ruang depan kiri yang semula merupakan ruang penerimaan tamu gedung serba guna UNISSULA dengan luas 7 m x 10 m. Pada waktu itu jumlahnya pustakawannya telah bertambah menjadi 3 orang. Mulai tahun 1972 Bapak H.R. Rachmad telah pensiun dari Perpustakaan Negara Semarang, kemudian beliau ikut mengelola perpustakaan secara penuh. Mulai saat itu jumlah pustakawannya bertambah menjadi 4 orang. Jumlah koleksi buku yang dimiliki pada saat itu 6770 judul buku dengan 12.500 ekslempar. Karena koleksi bertambah maka jumlah pustakawannya ditambah menjadi 5 orang.
Pada awal tahun 1984 kampus UNISSULA di jalan Kaligawe telah selesai dibangun. Semua fakultas yang semula di jalan Seroja Tengah pindah ke jalan Kaligawe termasuk perpustakaan. Karena gedung perpustakaan belum dibangun maka digunakan ruang Pertemyan Rumah Sakit Sultan Agung. Perpustakaan tersebut menempati luas 10 m x 24 m. Pada tahun 1992 UNISSULA mulai membangun gedung perpustakaan di jalan Kaligawe, pada akhir Desember 1993 telah berdiri gedung 3 lantai. Lantai I mempunyai luas 600 m2, lantai II luasnya 680 m2 dan lantai III mempunyai luas 710 m2. Jumlah koleksinya pada saat itu adalah 13.492 judul buku dengan 20.250 ekslempar dan kolkesi majalah 165 judul. Sejak akhir Desember 1993 UPT. Perpustakaan UNISSULA menempati gedung baru di jalan Kaligawe sampai saat ini.
Seiring dengan berkembangnya zaman, UPT Perpustakaan UNISSULA melakukan perubahan. Pada tahun 2010, perpustakaan melakukan evolusi dengan diperbaikinya seluruh aspek perpustakaan. Rektor UNISSULA kala itu membawa perubahan bagi perkembangan perpustakaan di UNISSULA hingga terciptalah perpustakaan yang nyaman dengan konsep World Class Cyber Library. Perpustakaan dibuat agar pemustaka yang datang merasa nyaman, walaupun saat ini perpustakaan hanya menempati dua lantai dari gedung perpustakaan karena lantai tiga masih dipinjam oleh fakultas bahasa. Koleksi-koleksi diperbarui agar pemustaka selalu mendapatkan informasi terbaru. Koleksi tidak hanya selalu printed collection tetapi sudah dikembangkan dengan adanya koleksi elektronik seperti CD (Compact Disk) dan jurnal elektronik. Pada saa ini perpustakaan mempunyai 17 orang pegawai dan 8 diantaranya berlatar belakang pendidikan ilmu perpustakaan.
